Les terriens d'Atlantis ne s'y attendaient pas. Les asurans avaient décidé de se venger de l'attaque des terriens [contre] la flotte Asuran [qu'ils avaient anéantie]. Ils ont donc envoyé un satellite doté d'une porte des étoiles et d'un bouclier pour attaquer Atlantis. Les membres de l'expédition levèrent le bouclier à temps mais le rayon étant très puissant, le bouclier ne tiendrait que peu de temps. Après plusieurs tentatives vaines, le docteur McKay eut l'idée de changer de planète. Le colonel John Sheppard dirigea en personne la manœuvre. Mais pour ce faire, les terriens furent Obligés de baisser le bouclier après avoir mis une astéroïde en travers du rayon [ennemi], ce qui permit à la cité de s'envoler. Malheureusement, le bouclier mit trop de temps à se remettre et la tour centrale fut frappée. Le Docteur Weir, se trouvant à proximité, fut tuée sur le coup ; mais Atlantis réussit finalement à rejoindre sa nouvelle planète.
Après les funérailles du Docteur Weir, c'est le Colonel Macnam qui fut nommé à la tête d'Atlantis. Les missions interplanètaires reprirent tranquillement jusqu'au moment ou un membre de l'expédition fut victime d'un ennemi inconnu : les Jorgs.
Ces créatures ont le pouvoir de contrôler les rêves des humains et possèdent une technologie très avancée. Suite à cet [agression], le Colonel Macnam décida de faire revenir l'équipe de P7J-935, mais la porte se ferma et ne se réactiva que plusieurs heures plus tard.... Les Jorgs débarquèrent sur Atlantis et en prirent le contrôle. Macnam sortit blessé de cette bataille, et se replia avec les autres membres dans le Hangar de l'aile Ouest, où ils préparèrent un plan pour récupérer Atlantis. Ce plan fonctionna malgré de nombreuse pertes humaines. Les atlantes réussirent à repousser l'attaque Jorg et à reprendre Atlantis, sans pour étant être rassuré. Les Terriens devront maintenant faire face à cette nouvelle menace.